Susanna chịu đựng nhiều gian khổ trong suốt cuộc sống. Có lần chồng bà rời bỏ bà và các con trong một năm chỉ vì một tranh cãi nhỏ.

Susanna Wesley viết trong thời gian chồng vắng mặt:

Em là một phụ nữ, nhưng em cũng là chủ một gia đình đông con. Khi anh vắng mặt, trách nhiệm chăm sóc đời sống tâm linh của các con đặt nặng trên vai em, em không thể làm gì khác hơn là quan tâm đến từng đứa một và xem chúng là những tài năng được phó thác cho em. Em không phải là một người đàn ông cũng không phải là một mục sư, nhưng trong tư cách một người mẹ và người chủ gia đình, em buộc phải cố gắng quá sức mình. Em quyết tâm bắt đầu với các con theo cách này: Em dành thời gian hạn hẹp của mình trong mỗi tối để dạy dỗ con cái, riêng rẽ cho mỗi đứa. Tối thứ Hai em nói chuyện với Molly, thứ Ba với Hetty, Nancy vào tối thứ Tư, thứ Năm dành cho Jacky, thứ Sáu với Patty, và Charles vào tối thứ Bảy.

Do thiếu khả năng quản lý tài chính, Samuel phải hai lần vào tù. Thiếu hụt tiền bạc là gánh nặng kéo dài cho Susanna. Ngôi nhà của họ bị cháy hai lần; trong một lần hỏa hoạn, cậu con trai John suýt chút nữa bị mất mạng trước khi được cứu thoát qua cửa sổ từ tầng hai. Susanna giữ vai trò trọng yếu trong nỗ lực giáo dục các đứa trẻ: mỗi đứa trẻ đều được dành một thời gian đặc biệt trong tuần để học tập với mẹ.

"Những đứa trẻ được giáo dục tốt, kể cả các cô con gái. Tất cả được học tiếng Latin, tiếng Hy Lạp và được kèm học các môn cổ điển, là những môn học truyền thống tại Anh thời bấy giờ." [2]

Sau lần hỏa hoạn thứ hai, Susanna buộc phải gởi những đứa trẻ đến các gia đình khác nhau để ở tạm trong hai năm khi tư thất mục sư được xây dựng lại. Trong giai đoạn này, những đứa trẻ thuộc gia đình Wesley tiêm nhiễm lề thói của những gia đình mà chúng đang trú ngụ. Susanna kinh hãi khi nhận ra rằng các con của bà bắt đầu sử dụng những ngôn từ bất xứng và chơi nhiều hơn học.

Trong thời gian vắng mặt vì phải lên Luân Đôn bảo vệ một người bạn đang bị cáo buộc tội dị giáo, chồng bà chỉ định một người thay mặt ông giảng luận mỗi chủ nhật. Nhưng những bài giảng của người này chỉ xoay quanh các vấn đề tài chính. Nhận thấy sự thiếu vắng những giáo huấn cần thiết cho đời sống tâm linh của các con, Susanna tập hợp chúng lại mỗi chiều chủ nhật để tổ chức lễ thờ phượng trong gia đình. Họ cùng hát Thi thiên (Thánh vịnh), rồi Susanna đọc một bài giảng của chồng hoặc của thân phụ, rồi lại hát Thi thiên. Những người xung quanh bắt đầu tìm đến xin tham dự buổi nhóm. Có lúc số người đến dự lễ thờ phượng buổi chiều của Susanna lên đến hai trăm, trong lúc lễ thờ phượng buổi sáng càng lúc càng thưa thớt.[3]

Mỗi ngày Susanna thực hành tu dưỡng tâm linh suốt cuộc đời, nhưng đến lúc gần qua đời, trong một bức thư gởi con trai Charles, bà thừa nhận rằng đã phải tranh đấu suốt đời với những mối hoài nghi, và chỉ mới tìm thấy sự bình an trong đức tin.[4]

Chồng bà, Samuel, đã dành trọn cuộc đời và tiền bạc của gia đình cho công trình luận giải sách Job trong Kinh Thánh, nhưng tác phẩm này chẳng có ảnh hưởng gì đáng kể ngoại trừ những khó khăn cho gia đình ông. Ngược lại, Susanna đã viết vài tiểu luận giúp ích cho việc giáo dục trẻ em. "Ngoài những thư tín, Susanna Wesley còn viết về những suy tư về các vấn đề tâm linh, những bài luận giải Kinh Thánh cho chính mình, và những bài luận giải dài về Bài Tín điều các Sứ đồ, Bài Cầu nguyện chung, Mười Điều răn. Một số bị thiêu rụi trong cơn hỏa hoạn, nhưng nhiều bài còn nguyên vẹn. Có thể tìm thấy những tác phẩm của bà trong một tuyển tập thực hiện bởi Charles Wallace." (Pellowe)

Susanna Wesley từ trần ngày 23 tháng 7 năm 1742, được an táng tại Bunhill Fields, Luân Đôn.